气相色谱室内设有两台气相色谱仪，其中一台日本进口岛津GC2010，采用世界领先的高灵敏度检测器（FPD、FID、ECD等），从而获得高可靠性、高重视性、高精度的痕量级分析结果。另外，更快的柱温箱冷却速度和先进的流路技术（如反吹系统等）为缩短分析时间、提高分析效率提供了强有力的保证。气相色谱室主要进行工作场所有机类有害因素的分析检测、大气水源等污染地的痕量毒物分析、监测。